迷你世界Laplace 数学 / 图版 M21 — 反应扩散

扩散画出的斑纹

扩散通常把一切抹平。1952 年,图灵算出相反的情形:两种互相反应的物质,扩散的快慢差得够多,均匀状态就会自己破开,长出间距一定的斑点或条纹。凝胶、陶瓷尾巴和一条鱼皮,都在实时计算。

向下滚动

01

两种物质

1952 年,图灵发表《形态发生的化学基础》。他设想胚胎里有几种会反应、会扩散的物质,并把它们叫作形态发生素(morphogen)。

1972 年,Gierer 和 Meinhardt 把这个想法写成一对容易理解的方程。活化剂促进自己生成,也促进抑制剂;抑制剂压低活化剂,而且扩散得快得多。

凝胶上方是沿一条线的两条剖面。活化剂的峰窄而高,抑制剂的峰宽而矮:每个斑点在自己周围压出一圈空地,下一个斑点只能长在空地外面。

02

扩散反而造出花纹

没有扩散时,这对方程有一个均匀的稳定状态:哪里多了一点,都会回落。扩散本身也只会抹平。两样稳定的东西放在一起,却可以不稳定。

把一个微小的起伏写成波长为 2π/k 的正弦波,就能精确算出它每单位时间增长多少,这条曲线叫色散关系。抑制剂扩散得够快时,曲线在某一段 k 上越过零:这些波长的起伏会长大,其他的消退。

凝胶上不时有一道前沿扫过,把凝胶重置为均匀状态加上 1% 的噪声。几秒之后,噪声里长出的仍是同样间距的斑点。

色散关系:每个波数的增长率

03

间距是算出来的

长得最快的那个波数,给出花纹的间距。这里的参数下,预测是 11.7 格。

凝胶上的白色刻度每格就是这个预测波长。读数里的「测得」来自对整片凝胶做傅里叶变换,找出最强的波长,每两秒重算一次。

两者接近,但不完全相等。线性分析只管起伏刚开始的时候;斑点长大以后,非线性会把它们推到稍有不同的间距上。

04

斑点还是条纹

同样的方程,可以长出斑点,也可以长出条纹。Meinhardt 指出,活化剂的自我增强一旦饱和,就倾向于形成条纹。

这片凝胶左右两半只有一个参数不同:左边没有饱和,右边自我增强在高浓度时饱和。左边是斑点,右边是曲折的条纹,间距几乎一样。

间距由扩散和反应速度决定,形状由非线性决定。

05

一张参数图

1993 年,Pearson 在一台连接机上,用格雷–斯科特模型逐点扫过两个参数:补料速度 F 和衰减速度 k。256 × 256 格,每次从一小块扰动开始,算 200,000 步。他把长出的东西分成 12 类,用希腊字母命名:斑点、迷宫、会分裂的斑点、移动的波……

凝胶上的 F 从下到上增大,k 从左到右增大,整张图同时在算。图上的实线内侧,除了只有燃料的平凡状态,还有另外两个均匀状态。

每次计算都从平凡状态(只有燃料、没有自催化物)出发,而这个状态对微小的起伏是稳定的:花纹是被一小块有限大小的扰动「点燃」的。Pearson 自己指出,在他用的扩散比下不存在稳定的图灵花纹。图上深色的一小片,是均匀状态会发生图灵不稳定的地方。图灵机制并不是长出花纹的唯一方式。

格雷–斯科特的参数平面

06

凝胶里的证据

图灵的论文过去 38 年,才有人在化学反应里看到它。1990 年,Castets、Dulos、Boissonade 和 De Kepper 在聚丙烯酰胺凝胶里进行亚氯酸盐–碘化物–丙二酸反应,两边持续供料,用淀粉显色,看到了不随时间改变的斑点。他们称之为第一个确凿的图灵结构的实验证据。

1991 年,Ouyang 和 Swinney 在一片与反应物储槽接触的薄圆盘凝胶里,看到了六边形斑点、条纹和两者的混合。

同年,Lengyel 和 Epstein 解释了关键:淀粉把碘化物(活化剂)结合成不动的复合物,等于让活化剂慢了下来。凝胶里的花纹按他们的模型计算;没有淀粉时,这个模型里的反应会整体振荡,长不出静止的斑纹。

07

长大的鱼

1995 年,Kondo 和 Asai 报告,海水神仙鱼(刺盖鱼属)身上的条纹并不固定在皮肤上。哺乳动物的花纹随身体等比例放大,而神仙鱼的条纹靠不断重排,保持彼此的间距。

鱼长大一倍,条纹并没有变宽一倍:新的条纹出现在旧条纹之间。他们用图灵型的模型,预测出了后来的花纹。

铜框里的鱼皮长到原来的两倍,长和宽一起长,扩散和反应不变。读数是条纹的条数和平均间距(按长成后的格子计)。

08

不是分子,是细胞

生物体里扮演「活化剂」和「抑制剂」的,不一定是两种分子。2009 年,Kondo 的小组在斑马鱼身上发现,黑色素细胞和黄色素细胞挨得近时互相排挤,隔开一段距离时,黑色素细胞却需要黄色素细胞才能存活。近处抑制、远处支持,正合反应扩散的条件。

2012 和 2014 年,两项研究在小鼠肢芽里找到了手指排列背后的图灵型网络:Bmp、Sox9 和 Wnt,间距受 Hox 基因和生长因子的梯度调节。同年,小鼠上颚的褶皱也被归于同一类机制。

这一章的鱼皮,条纹沿着身体走,像斑马鱼。它仍是同一对方程,换了初值。

09

豹子的尾巴

1988 年,Murray 在《科学美国人》上写道:有斑点的动物可以有一条条纹的尾巴,有条纹的动物却不能有一条斑点的尾巴。

理由是几何。花纹要绕尾巴一周,至少得放下一个完整的波长。尾巴周长小于 2π/k₊(k₊ 是不稳定带的上端)时,绕一周变化的花纹全部会消退,只剩沿着尾巴的变化:一圈一圈的环。

陶瓷尾巴的釉是在尾巴表面上直接算的。粗的一端是斑点;红线处周长等于 2π/k₊,再往细处只剩环。Murray 也指出,只有在胚胎的尺寸合适时花纹才会出现:太小长不出花纹,非常大的动物又会是单色的。

10

实验台

在凝胶上画或擦。选格雷–斯科特,在参数图上换一个点;选活化–抑制模型,调扩散比和饱和。

试一试在实验台上把扩散比慢慢调低。斑点在什么时候开始连成条纹?低到多少时,凝胶会变回均匀?

模型省略了什么

凝胶、尾巴和鱼皮上算的都是两种物质的方程,每一格代表一小块组织或凝胶,用显式欧拉法一步一步积分,步长在稳定范围内。真实的胚胎里参与的分子和细胞远不止两种,组织在生长、弯曲,扩散也不是均匀的。参数是为了让花纹在屏幕上看得清而取的无量纲值,不是任何动物或化学反应的实测值;长度以格为单位。反应器只大致仿照 1990 年代初的薄层凝胶反应器,尺寸放大了很多(真实的花纹间距约 0.2 毫米);凝胶的颜色只示意淀粉–碘的显色。尾巴是一个光滑的旋转面,每一行的格数随周长变化;鱼皮伸长时只是扩散按长度换算,没有算细胞的增殖。

容易误解的地方

不是所有斑纹都来自图灵机制。Pearson 的许多格雷–斯科特花纹并非线性不稳定长出来的;很多动物的花纹也还没有弄清。图灵 1952 年的斑驳图是手算的,他没有点名豹子或斑马。扩散比要足够大,但光有快慢不同还不够:反应本身也必须满足条件。线性分析给出的是起伏刚开始时最快的波长,长成以后的间距会有些不同。基因并不写下每个斑点的位置,它们决定反应和扩散的速度。

资料来源

  1. A. M. Turing(1952):The chemical basis of morphogenesis,Philosophical Transactions of the Royal Society of London B 237: 37–72
  2. A. Gierer, H. Meinhardt(1972):A theory of biological pattern formation,Kybernetik 12: 30–39
  3. H. Meinhardt(1989):Models for positional signalling with application to the dorsoventral patterning of insects and segregation into different cell types,Development 107(增刊): 169–180(饱和与条纹)
  4. A. J. Koch, H. Meinhardt(1994):Biological pattern formation: from basic mechanisms to complex structures,Reviews of Modern Physics 66: 1481–1507
  5. J. E. Pearson(1993):Complex patterns in a simple system,Science 261: 189–192
  6. V. Castets, E. Dulos, J. Boissonade, P. De Kepper(1990):Experimental evidence of a sustained standing Turing-type nonequilibrium chemical pattern,Physical Review Letters 64: 2953–2956
  7. Q. Ouyang, H. L. Swinney(1991):Transition from a uniform state to hexagonal and striped Turing patterns,Nature 352: 610–612
  8. I. Lengyel, I. R. Epstein(1991):Modeling of Turing structures in the chlorite–iodide–malonic acid–starch reaction system,Science 251: 650–652
  9. I. Lengyel, I. R. Epstein(1992):A chemical approach to designing Turing patterns in reaction–diffusion systems,PNAS 89: 3977–3979
  10. S. Kondo, R. Asai(1995):A reaction–diffusion wave on the skin of the marine angelfish Pomacanthus,Nature 376: 765–768
  11. A. Nakamasu, G. Takahashi, A. Kanbe, S. Kondo(2009):Interactions between zebrafish pigment cells responsible for the generation of Turing patterns,PNAS 106: 8429–8434
  12. R. Sheth 等(2012):Hox genes regulate digit patterning by controlling the wavelength of a Turing-type mechanism,Science 338: 1476–1480
  13. J. Raspopovic, L. Marcon, L. Russo, J. Sharpe(2014):Digit patterning is controlled by a Bmp-Sox9-Wnt Turing network modulated by morphogen gradients,Science 345: 566–570
  14. A. D. Economou 等(2012):Periodic stripe formation by a Turing mechanism operating at growth zones in the mammalian palate,Nature Genetics 44: 348–351
  15. J. D. Murray(1988):How the leopard gets its spots,Scientific American 258(3): 80–87
  16. J. D. Murray(1981):A pre-pattern formation mechanism for animal coat markings,Journal of Theoretical Biology 88: 161–199

数据

Every pattern on the model is computed live on this page: the gel, the tail and the strip each run an explicit reaction–diffusion step on the graphics card; the same step runs in Node in the tests. The growth rates, the unstable band, the fastest wavelength and the critical diffusion ratio come from the exact 2 × 2 linear stability of each model; the measured wavelength is the peak of the pattern’s Fourier spectrum. Models: Gierer and Meinhardt (1972), with saturation as Meinhardt described; Gray–Scott as Pearson (1993) ran it; Lengyel and Epstein (1991) for the chlorite–iodide–malonic acid reaction with starch. The reactor, the ceramic tail and the strip of skin are our own models. The reactor is modelled loosely on the thin gel reactors of the early 1990s; it is not a drawing of any one apparatus.

本页的文字、图片和模型采用 CC BY-NC 4.0 许可:可以免费用于教学和其他非商业用途,可以修改,请注明出自 world.lapla.si。上面列出的第三方素材仍按各自的许可。

延伸观看

  • MinuteEarth · YouTube · 英语 在 YouTube 打开
  • The University of Edinburgh · YouTube · 英语 在 YouTube 打开

播放器来自 YouTube,按下播放后才加载。

数学 · 全部图版